小智（松本梨香 配音）一行人在海上遇见了危险的风暴，流落到了橘子群岛中的亚西亚岛上，这里即将举行热闹的大型庆典，而小智在意外之中遇见了庆典的圣女弗卢拉（平松晶子 配音）。弗卢拉选中了小智作为庆典的

由幽灵·杜鲁布所带领的海盗集团，在海中取得有“苍海的王子”之称的玛纳霏的蛋，企图用以不法之事。但随即被从中卧底的神奇宝贝保育家杰克·渥卡所夺走。之后，小智等人在旅途中因缺乏水源，而与一群为“水之民”

一群疯狂的科学家，为了自己的梦想，研制出一套只需要少许基因便可复制出宠物小精灵的机器，并把发掘到的世界最强宠物小精灵——梦幻的睫毛，复制成了拥有比梦幻更强能力的——超梦。但当超梦醒来后，却因无法找寻到

绿色草原，是个能够使人和神奇宝贝都心境安宁的地方，在这里住着秀力博士和他的女儿小美，有一天，秀力博士在遗迹里研究神秘神奇宝贝-未知图腾的时候，不小心被吸进异次元内，小美十分思念父亲，没想到竟因此唤醒了

在很久很久以前，還沒有精靈球的時代，有一場神奇寶貝大戰。勇者亞朗和他的神奇寶貝路卡利歐，為了阻止大戰，藉著波導的力量努力讓戰爭平息，人們也因此稱亞朗為「波導的勇者」。百年之後，小智和皮卡丘一行人來

千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现…立志成为出色的宝可梦训练家的小智、小遥和小胜，带著皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到法恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与黛安。在魔术表演中

水都奥多马雷，相传在这里有两只传说神奇宝贝-拉帝欧斯与拉帝亚斯，秘密的看守着守护这座城市的宝石-心之水滴。小智一行人正好造访这里，参加完水上竞速赛后，并从当地居民口中得知这项传说。这时，闻名世界的怪盗

四年前，一颗陨石坠落至极地，从中诞生出DNA神奇宝贝-代欧奇希斯，居住在大气层的天空神奇宝贝－裂空坐，因而认为代欧奇希斯侵略它的领域，双方展开了一场激战。最后，裂空坐打败了代欧奇希斯，代欧奇希斯的核心

在森林的入口，“雪成”与少女“永久”邂逅了。接受了永久说的“如果你听到了森林的声音，就不能乱走动”的忠告后，雪成走进了森林。 雪成在森林里为了守护被猎人追捕的“雪拉比”，被“穿梭时空的力量”卷入，带到

立志成为神奇宝贝大师的小智一行人依然继续踏上旅程。这天，当小智与训练家的战斗结束之后，他们收到一封由快龙送来的神秘招待券。招待券里面写著：‘你们是最被看好、最有前途的宝可梦训练家，我以最强的宝可梦训练