在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉

三千万年前人类已经存在，并拥有高度科技，称为超古代。而迪迦奥特曼是在超古代造访地球的光之巨人。在经过了人类的光暗战争之后，超古代人类自己选择了灭亡的道路，迪迦奥特曼等光之巨人尊重人类的选择身体变成了