该片讲述了以木木豆为首的四位小侦探各展所长破获各个星球离奇案件的故事。

该动画承接《神探四豆星Ⅱ》的故事，继续讲述以木木豆为首的四位小侦探各展所长破获各个星球离奇案件的故事。

以木木豆为首的四位小侦探顺着父亲留下的笔记，前往各个星球搜寻神秘组织的蛛丝马迹，沿途成功破获各种离奇案件，最后协助宇宙安全局成功捣毁神秘组织，解除宇宙危机。

在宇宙星际空间，一日，木木豆的父亲木森突然失踪了，留下一封信，让木木星好好管理四人侦探事务所，于是木木星开始了重振事务所的故事。期间，在侦破案件中，结识了知识丰富的糖豆，神秘失忆女阿布豆以及胆小打杂的

在宇宙星际空间，一日，木木豆的父亲木森突然失踪了，留下一封信，让木木星好好管理四人侦探事务所，于是木木星开始了重振事务所的故事。在侦破案件中，结识了知识丰富的糖豆，神秘失忆女阿布豆以及胆小打杂的卤豆，

该片讲述了以木木豆为首的四位小侦探各展所长破获各个星球离奇案件的故事。

以木木豆为首的四位小侦探与神秘组织斗智斗勇，顺着父亲留下的笔记为线索，前往各个星球搜寻神秘组织的珠子马迹，沿途成功破获各种离奇案件，最后协助宇宙安全局成功搞毁神秘组织。

在宇宙星际空间，一日，木木豆的父亲木森突然失踪了，留下一封信，让木木星好好管理四人侦探事务所，于是木木星开始了重振事务所的故事。

在宇宙星际空间，一日，木木豆的父亲木森突然失踪了，留下一封信，让木木星好好管理四人侦探事务所，于是木木星开始了重振事务所的故事

以木木豆为首的四位小侦探与神秘组织斗智斗勇，顺着父亲留下的笔记为线索，前往各个星球搜寻神秘组织的珠子马迹，沿途成功破获各种离奇案件，最后协助宇宙安全局成功搞毁神秘组织