故事讲述的是一群疯狂的科学家，为了自己的梦想，研制出一套只需要少许基因便可复制出宝可梦的机器，并把发掘到的世界最强宝可梦复制成了拥有比梦幻更强能力的超梦。但当超梦醒来后，却因无法找寻到真正的自我而暴走

在地势险峻的山谷腹地，勇猛果敢的神奇宝贝凯尔迪奥（中川翔子 配音）追随传说中的圣剑士克巴路欧（山寺宏一 配音）、泰利奇欧（安元洋贵 配音）、比利基恩（本田贵子 配音）修行，朝着圣剑士的目标持续努力。自

在风景秀丽，气候宜人的王冠市，即将举行神奇宝贝足篮世界杯比赛，届时，大批的观众和训练师会涌入此处，整个城市将会陷入一片欢乐的海洋之中。小智（松本梨香 配音）一行人正在前往王冠市的路上，旅途中，他们遇见

小智（松本梨香 配音）一行人继续着磨练技艺的旅途，他们来到了欧鲁德朗城，这里正在举行为了纪念百年前阻止了战争的勇者亚朗而设置的对战祭典。小智带着皮卡丘（大谷育江 配音）勇敢参战，并且最终凭借着强大的实

千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现……立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小

以成为神奇宝贝大师为目标，小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音）带着各自的神奇宝贝在世界各地进行艰苦的修业之旅，今天他们历经长途跋涉终于来到了风景秀美的米琪亚镇。

为了成为合格的神奇宝贝训练师，小智（松本梨香配音）、天桐（宫野真配音）、艾莉丝（悠木碧配音）带着各自的小伙伴继续修业之旅。这次他们来到了美丽的山中小镇艾茵多奥克参加神奇宝贝的比赛，并在此遇到了传说中拥

被人类用基因技术克隆出来的最强宠物小精灵超梦（市村正亲 配音）带着对自我身份的疑惑和对人类强大的愤怒逃离了科研所，它宣布要对制造出自己的人类进行复仇。 已经得到了八个勋章的小智（松本梨香 配音），以成

小智（松本梨香 配音）一行人在海上遇见了危险的风暴，流落到了橘子群岛中的亚西亚岛上，这里即将举行热闹的大型庆典，而小智在意外之中遇见了庆典的圣女弗卢拉（平松晶子 配音）。弗卢拉选中了小智作为庆典的“指

小时候巴尔扎和玛黎以及胡巴生活在阿尔刻之谷的故事。