曾经，这个国家发生了一场由忍者们发起的大战。幸存下来的甲贺、伊贺、风魔、杂贺四个家族，各自拥有被认为具有巨大力量的〈秘传绘卷〉，以此维持彼此之间的平衡。时光流转，现代。故事发生在一个普通的城市——甲贺

位于东京西部的多摩丘陵计划修建一处火葬场，可是施工人员在工地内发现了一具白骨。根据对白骨和现场的遗留品鉴定后发现，死者居然与15年前一桩悬而未决的强盗杀人事件有关。为此，青梅中央署迅速成立了搜查本部。