突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建，14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市，本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛

在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣和葛城美里遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾。与沉默寡言的绫波丽不同，明日香自信张扬，甚至有些自大

第十七使徒被消灭后，SEELE向NERV下达命令，要求EVA初号机负责执行“人类补完计划”。然而碇元度不认同SEELE的做法，拒绝执行。SEELE认定这是一种叛变的行为，决定把NERV彻底消灭。破晓

在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子 配音）。