2259年初，约翰·谢里丹上尉接替辛克莱成为车站的军事总监。他和指挥人员了解到，圣地亚哥总统之死实际上是副总统克拉克策划的暗杀（他在圣地亚哥去世后担任总统）。巴比伦5号指挥部和Psi军团之间发生了冲突

故事的背景设定在公元2257年，人类已经突破光速，开始大规模星际旅行及在太阳系附近殖民，与多个外星文明接触并有贸易联系。一天，一艘地球联邦的星际驱逐舰在探索未知星际空间的时候遇到一艘不明星船，因为误判

　　There was a third storyline in the original script involving Michael Garibaldi, Jerry Doyle's