故事以只有女性能使用的世界最強兵器「InfiniteStratos（IS）」為中心，在女尊男卑的世界中，主角「織斑一夏」雖然身為男生卻能夠操縱IS，為此他被強制進入培育IS操縱者的學校「IS學園」，周圍理所當然也都是女性，而女生們也對這位「世上唯一能夠使用IS的男性」感到興趣，就此展開了許多趣味橫生的學校生活。

圣诞节即将来临，SOS团火锅派对的活动拍板以后，阿虚就带着烦恼回家。第二天，阿虚如常上学，但他很快注意到，学校发生了与平日完全不同的事。应该在后面的座位的凉宫春日不在，却换上了理应让长门有希消灭了的朝