江户时代魔鬼横行，为了对抗伪装成人类的魔鬼，一群有志之士成立了一个名叫“鬼御门”的组织。其中一个高手病叶出门(市川染五郎 饰 )，被称作“杀鬼者”，五年前他神秘地离开组织，来到第四代鹤屋南北(小日向文

小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此