在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人

在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人

在大冒险01三年后，本宫大辅、井上京、火田伊织、一乘寺贤四个小朋友、与及01中拯救数码世界的八位小朋友一起进入数码世界进行冒险。

在远离大都会的乡下，有一个名叫“企鹅村”的小村庄，这里住着一个名叫则卷千兵卫的天才博士。他发明了各种各样奇怪的道具，而女孩子机器人阿拉蕾正是他的诸多作品之一。阿拉蕾力大无比，聪明非常，不过却只有幼儿园

2010年，曾经的小学生们已经步入大学，八神太一、石田大和等人步上不同的人生道路（八神太一和石田大和将会成长为22岁），而就在此时，数码宝贝的研究者（松冈茉优 配音）却告诉他们：“被选召的孩子们”长大