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鲁邦三世又给警察发去了通告，钱形警督开始组织刑警逮捕鲁邦，而峰不二子出现在一个神秘的男子身边与此同时，少年侦探队盯上了海外超人气偶像，他们二者之间有什么联系呢？柯南再度大展神通。

京都的舞鹤港口,日本海上自卫队正在举行难得的搭乘宙斯盾驱逐舰体验航海活动柯南、小兰、毛利小五郎和少年侦探团等人当选,与全国各地聚集来的孩子们一起登上了这艘装载着日本最先进武器的宙斯盾驱逐舰,体验着在电

满月之夜的钻石偷盗事件，犯人摆脱了警察的包围网华丽地逃走了，江户川柯南在独自追捕逃犯时遭遇了石川五右卫门的袭击,柯南这才明白这次的对手将是鲁邦三世，故事由此展开